Vesi
Vesi katab umbes 71% maakera pinnast ja moodustab rohkem kui 95% võimalikust eluruumist planeedil. Hüdrosfääri ökosüsteeme domineerivad arvukuselt ja biomassilt mikroorganismid kõigist kolmest domeenist (arhed, bakterid ja eukarüoodid). Füüsikalis-keemiliste tingimuste (temperatuur, rõhk, soolsus, valgus, toitainete ja hapniku kontsentratsioon jne.) varieerumine ajas ja ruumis loob palju erinevaid ökoloogilisi nišše. Ookeanides elavad mikroorganismid on ka arvukamad organismid terves biosfääris ja omavad globaalset mõju. Näiteks kaks arvukat tsüanobakterite perekonda (Synechococcus ja Prochlorococcus) viivad läbi umbes 25% globaalsest fotosünteesist. Metagenoomiline lähenemine on tõstnud katteloori ookeanide mikroorganismide mitmekesisuselt ja viinud paljude uute geenide, metaboolsete radade ja seni kultiveerimata liikide avastamiseni.
Läänemeri on suuruselt teine riimveekogu maailmas, mis tekkis peale viimast jääaega umbes 10 000 aastat tagasi. Selle valgalal elab umbes 90 miljonit inimest neljateistkümnes erinevas riigis. Läänemeri on madal (keskmine sügavus on 50 meetrit) ja pika viibeajaga. Läänemerd iseloomustavad toitainete rohkus, soolsuse gradient, veesamba kihistumine ja põhja hapnikuvaegus. Läänemeres elab unikaalne segu mage-, mere- ja riimvee liike, kuid seda loetakse üheks enim saastatud mereks maailmas.
2010 aasta sügisel alustas Biotap koostööd Tallinna Tehnikaülikooli Meresüsteemide Instituudiga, et viia läbi kõrgresolutsiooniline Soome lahe bakterplanktoni koosluste dünaamika uuring. Selle tulemusena on omandatud veeproovide võtmise tehnikad ja välja töötatud vähemaksev filtreerimissüsteem, mis minimiseerib proovi saastumise võimalust. Erinevate poorisuurustega filtrite kooskasutamine võimaldab vajadusel mikroobe sorteerida suuruse alusel.
Kasutatud kirjandus:
David M. Karl. “Microbial oceanography: paradigms, processes and promise”, Nature Reviews Microbiology, (2007)
JiaSong Fang & Li Zhang. “Genomics, metagenomics, and microbial oceanography—A sea of opportunities”, SCIENCE CHINA Earth Sciences, (2011)
Koskinen et al. “Spatially differing bacterial communities in water columns of the northern Baltic Sea.” FEMS Microbiol Ecol., (2011)
